Der Chor ist zu den seitlichen Kapellen durch breite Segmentbogenöffnungen mit Holz- Glastüren geöffnet Darüber sind die geschwungenen Oratoriumsfenster. Die Apsis ist halbrund geschlossen. In der Gewölbefußzone befinden sich ein Gesims und Rundbogenfenster aus der Zeit um 1800. Die nordöstliche Kapelle ist kreuzgratgewölbt, das von Wandpfeilern getragen wird. Im Gewölbe sind Stuckleisten aus dem ersten Viertel des 17. Jahrhunderts zu sehen. der im Südosten vortretende mittige Choranbau ist die sogenannte „Engelskapelle“. Diese ist platzlgewölbt mit seitlichen Gurtbögen. Dieses entstand in der Zeit um 1800. Die einzelnen Geschoße des Kirchturmes sind stichkappengewölbt.

In den rechten Flanken des Turmes befinden sich in zwei Geschoßen kleine Rundkapellen aus der Spätrenaissance. Diese weisen kuppelartige Gewölbe in Form von aneinandergereihten Stichkappen auf. Dieser werden durch Bänder unterteilt. Genauso wie das Renaissanceziegelpflaster in Wabenform stammen sie vom Ende des 16. bzw. Anfang des 17. Jahrhunderts. Die linke Rundtreppe im Turm besteht aus einer spätbarocken Holzspindeltreppe aus der Mitte des 18. Jahrhunderts.

Das Kircheninnere ist an den Gurtbögen und Stichkappen in Langhaus und Chor durch einheitliche Neorokoko-Dekoration ausgemalt. Die Glasfenster im Chor und in der Engelskapelle entstanden im Jahr 1965. Eine Scheibe im Chor zeigt die Taube des Heiligen Geistes.

In Wien-Kaiserebersdorf leben 3972 Gläubige. Pfarrkirchen sind meist einem Heiligen geweiht, das so genannte Patrozinium von
Wien- Kaiserebersdorf ist: St. Peter und Paul
(Wallfahrtskirche Maria am Baum, vor 1353).

Die Kirche ist eine Stiftung der Herren von Himberg (später Herren von Ebersdorf) vom Ende des 12. Jahrhunderts. Die Pfarre wurde vermutlich Anfang des 14. Jahrhunderts begründet und wird 1353 erstmals urkundlich erwähnt. Die Kirchlehen waren bis 1604 in Besitz der Herren von Ebersdorf und wurden danach landesfürstlich verwaltet. Seit der Übertragung des Gnadenbildes „Maria am Baum“ von der Ebersdorfer Wiese in die Kirche im Jahr 1746 ist die Pfarrkirche gleichzeitig ein Marienwallfahrtsort.

Die frühbarocke Kirche wurde im ersten Drittel des 17. Jahrhunderts über einem gotischen Vorgängerbau mit Wehrturm im Nordwesten errichtet. Nach den Türkenbelagerungen in den Jahren 1529 und 1683 wurde die Kirche wieder instand gesetzt. 1696 erfolgten Sanierungsmaßnahmen am Kirchturm. 1747 wurde der Kirchenbau und die Oratoriumsanbauten an einer Symmetrieachse orientiert. Die Umbauarbeiten erfolgten unter der Bauleitung von Matthias Gerl. Im ersten Viertel des 19. Jahrhunderts wurden im Südosten Anbauten errichtet und die Fenster des Chores versetzt. Die südwestlichen Anbauten wurden im Zweiten Weltkrieg 1944 zerstört und nach dem Krieg wieder aufgebaut. Restaurierungen erfolgten in den Jahren 1901, 1903, 1925, 1936/37, 1949/50, 1965/66.

Die Kirche ist ein frühbarocker Saalbau mit markantem Fassadenturm. Das Äußere ist durch einen ungegliederten stereometrischen Baukörper geprägt, wie es im frühesten Barock, Anfang des 18. Jahrhunderts üblich war. Das Langhaus ist schmal, mit einem seitlich leicht vortretenden Fassadenbau. Der Chor mit Apsis und das Langschiff sind unter einem einheitlichen flachen Walmdach, wobei der Chor von Außen höher ist, als das Langhaus. Die Anbauten sind symmetrisch und mit einem Walm- bzw. Pultdach gedeckt. Die Anbauten seitlich des Chorjoches sind zweigeschossig. In ihnen sind Treppenhäuser und Oratorien bzw. eine Kapelle untergebracht. An das Ende des Chorjoches schließt ein eingeschossiger Anbau an, der heute als Sakristei bzw. Engelskapelle genutzt wird. Beidseitig des südöstlichsten Langhausjoches ist eine gangartige Erweiterung. Die Fenster und Türen sind durch steinerne Fenster- und Türgewände sowie Traufgesimse sparsam akzentuiert.

Die Fassade im Nordwesten wird durch den markant vortretenden hohen Mittelturm beherrscht. In der Mitte der Fassade ist ein barockes Rechteckportal, mit Ornamentfries von 1901 eingelassen. Über dem Portal steht eine Madonnenstatue in einer Rundbogennische. Seitlich Kirchturmes sind Figuren der Heiligen Petrus und Paulus. Alle Statuten stammen aus dem letzten Viertel des 17. Jahrhunderts. Vor der nördlichen Seitenfront steht eine Statue des heiligen Johannes Nepomuk aus dem zweiten Viertel des 18. Jahrhunderts.

Die rundbogigen Schallfenster am Kirchturm liegen in rechteckigen Nischen. Darüber ist ein barocker Zwiebelhelm aus dem 17. Jahrhundert. Am Dachboden kann man im Bereich der Choranbauten noch drei vermauerte Segmentbogenfenster des frühbarocken Chores erkennen. Die Eisentüre in die Choranbauten stammt vom Anfang des 19. Jahrhunderts.